Novxanı əsrlərin dərinliklərindən gələn çoxsaylı sirləri və rəvayətləri özündə yaşadan qədim yaşayış məntəqələrindən biridir. Novxanıda 1870-ci ildə 354 təsərrüfat, 1843 sakin və bir məscid mövcud idi. Bu məlumatlar Bakı quberniyasının yaşayış məntəqələri ilə bağlı tərtib edilmiş rəsmi sənədlərdə əks olunub.
Rəvayətə görə, vaxtilə Novxanının şimal-şərqində Siyan adlı şəhər yerləşib. Şəhərin adı IX əsrdə Dərbənd vasitəsilə Asiyadan Abşerona gələn qədim türk tayfaları tərəfindən qoyulub. Siyan sakinləri balıqçılıq, əkinçilik, xalçaçılıq və digər sənət növləri ilə məşğul olur, yüksək keyfiyyətli gil qablar və keramika məmulatları hazırlayırdılar.
Tarixi mənbələrə görə, XVII əsrdə baş verən güclü zəlzələ şəhəri dağıdıb. Digər versiyaya əsasən isə Xəzər dənizinin səviyyəsinin qalxması yaşayış məntəqəsinin məhv olmasına səbəb olub. Bəzi tədqiqatçılar hər iki hadisənin eyni dövrdə baş verməsinin mümkün olduğunu qeyd edirlər.
Fəlakətdən sonra sağ qalan sakinlər şəhəri yenidən qurmaq istəsələr də, ərazidəki quyuların suyunun çəkildiyini görüblər. Buna görə də onlar Masazır gölünün yaxınlığında yeni yaşayış məntəqəsi salıblar. Fars dilində "yeni məkan" mənasını verən "Novxanə" adı da məhz həmin dövrdə yaranıb.
Novxanının ən qədim dini abidələrindən biri 1752-ci ildə Şah Sultan Hüseynin göstərişi ilə inşa edilən məsciddir. Uzun illər fəaliyyət göstərən məscid XX əsrin 20-ci illərindən sonra tədricən tərk edilib və zamanla dağılmağa başlayıb.
Araşdırmalara görə, məscidin ətrafında qədim qəbiristanlıq və karvansaray izləri də mövcud olub. Bu faktlar Novxanının tarixən mühüm ticarət yollarının üzərində yerləşdiyini göstərir.
Mütəxəssislər bu məscidi Abşerona xas T formalı məscidlər qrupuna aid edirlər. Fatmayı, Corat və Buzovna məscidləri də eyni memarlıq üslubunda tikilib.
Sonrakı dövrlərdə məscidin görünüşündə dəyişikliklər edilib. Şərq tərəfində tağvari divarları və günbəzlə örtülmüş əlavə tikili inşa olunub ki, bu da onu digər oxşar məscidlərdən fərqləndirib.
1877-ci ildə Novxanıda ikinci məscid tikilib. Neft bumunun təsiri ilə kənd əhalisinin sürətlə artması nəticəsində köhnə məscid bütün ibadət edənləri qəbul edə bilmirdi.
Yeni məscidin fasadındakı kitabəyə əsasən, onun tikintisi Səfərli Dədə Rəsul oğlu Novxani (Hacı Səfərli) tərəfindən həyata keçirilib. Məscid yüksəklikdə yerləşən, daş hasarla əhatə olunmuş dini kompleks kimi inşa edilib. Kompleksə mədrəsə, iki quyu və hovuz da daxil idi.
Memarlıq baxımından məscid üçnefli plan üzrə tikilib və Binəqədi məscidi ilə böyük oxşarlıq göstərir. Bunun səbəbi hər iki məscidin novxanılı ustalar Ağa-bala və Hüseyn-bala tərəfindən inşa edilməsidir.
Məscid bir neçə mərhələdə tikilib. İkinci zalın inşası zamanı əvvəlki hissə qorunaraq qadınlar üçün ibadət bölməsi kimi istifadə olunub.
Yeni məscidin günbəzlərindəki pəncərə boşluqlarının sonradan hörülərək bağlanması uzun illər yerli sakinlər arasında müxtəlif söz-söhbətlərə səbəb olub.
Rəvayətə görə, məscidin sifarişçisinin düşmənləri namaz vaxtı ona sui-qəsd edə bilməsinlər deyə pəncərələr bağlanıb. Lakin tarixçilər bu versiyanı inandırıcı hesab etmirlər. Onların fikrincə, həmin dövrdə dini dəyərlər və ictimai qaydalar belə bir hadisənin baş verməsini demək olar ki, mümkünsüz edirdi.
1918-ci ilin mart hadisələri zamanı erməni silahlı dəstələri kəndi atəşə tutarkən məscidin minarəsini hədəf kimi seçiblər. Zədələnmiş minarə 1930-cu illərin əvvəllərinədək qalsa da, sonradan uçma təhlükəsinə görə sökülüb.
Bu gün Novxanının qədim məscidləri və onlarla bağlı rəvayətlər Abşeronun zəngin tarixi irsinin mühüm hissəsi hesab olunur.